Organizacje pozarządowe jako jednostki posiadające osobowość prawną muszą prowadzić księgi rachunkowe zgodnie z ustawą o rachunkowości. Obowiązek ewidencjonowania dotyczy każdej operacji gospodarczej, bez względu na regulacje ustaw podatkowych. Ewidencja dotacji w księgach rachunkowych organizacji uzależniona jest przede wszystkim od celu, na jaki dana kwota zostanie przeznaczona, a także od potrzeb indywidualnych oraz specyfiki tej jednostki.