Rozliczanie czasu pracy osób zatrudnionych w niepełnym wymiarze czasu pracy może przysparzać pewnych problemów. Wynikają one stąd, że nie każda godzina pracy niepełnoetatowca, przepracowana ponad obowiązujący go wymiar, będzie godziną nadliczbową. Z kolei mogą też wystąpić przypadki, gdzie – mimo nieprzepracowania obowiązującego wymiaru – godziny nadliczbowe wystąpią.