Wszystkie rozpatrywane w tej pracy rodzaje grafów można utworzyć na podstawie równań stechiometrycznych. Główną zaletą metod grafowych jest możliwość uzyskania informacji o stabilności stanów stacjonarnych bez wypisywania w jawnej postaci jakichkolwiek równań. Dają one również możliwość konstrukcji układów enzymatycznych o zadanych własnościach.