Przeszedł specjalistyczne, indywidualne szkolenie wywiadowcze z zakresu wywiadu zagranicznego. W latach 1978—79 w ramach oddelegowania z MSW do MSZ, był zatrudniony w resorcie spraw zagranicznych na odcinku watykańskim. Brał udział w przygotowaniu pierwszej wizyty papieża w Polsce. Wyjechał do Rzymu z indywidualnym zadaniem wypracowania dla władz pogłębionej opinii, co do kwestii perspektywy normalizacji stosunków polsko-watykańskich, tak w ramach swojej misji dyplomatycznej, jak i wywiadowczej. Edward Kotowski pełnił obowiązki kierownika muzeum zamkowego w Lidzbarku Warmińskim. W 1969r. dokonał odkrycia cennych, XVIII-wiecznych polichromii w lidzbarskiej oranżerii i uratował je przed dalszą dewastacją. W powiązaniu z zaniedbaniami władz konserwatorskich doprowadziło to do głośnego konfliktu z olsztyńskimi władzami wojewódzkimi. Sprawa była szeroko komentowana w ogólnopolskich mediach z lat 1969—71, co spowodowało negatywne nastawienie władz, a w konsekwencji usunięcie Kotowskiego z zajmowanego stanowiska