Najczęściej występują: choroba Gravesa-Basedowa, choroba Hashimoto, cukrzyca insulinozależna (czyli typu 1), anemia złośliwa, reumatoidalne zapalenie stawów, zespół Sjögrena, olbrzymiokomórkowe zapalenie tętnic i inne zapalenia naczyń, stwardnienie rozsiane, zesztywniające zapalenie stawów kręgosłupa, toczeń rumieniowaty układowy, zapalne choroby jelit. Stanowią one blisko 95 proc. przypadków wszystkich chorób autoimmunologicznych. Kobiety cierpią z ich powodu 2 do 3. razy częściej niż mężczyźni. Poznanie mechanizmu powstania choroby jest podstawą skutecznego leczenia.