Głównym tematem „Prostaczka” jest krytyką zinstytucjonalizowanych form religii i nietolerancji religijnej, która przewija się jako motyw również w wielu innych utworach Woltera. Ostrze krytyki Woltera kieruje przede wszystkim jezuitom, krytyczne uwagi i postulaty autora mają jednak bardziej ogólny charakter i dotyczą podstawowych kwestii dialogu i tolerancji religijnej.