Bioinformatics Programming Using Python. Practical Programming for Biological Data
- Autor:
- Mitchell L Model
- Ocena:
- Bądź pierwszym, który oceni tę książkę
- Stron:
- 524
- Dostępne formaty:
-
ePubMobi
Opis ebooka: Bioinformatics Programming Using Python. Practical Programming for Biological Data
Powerful, flexible, and easy to use, Python is an ideal language for building software tools and applications for life science research and development. This unique book shows you how to program with Python, using code examples taken directly from bioinformatics. In a short time, you'll be using sophisticated techniques and Python modules that are particularly effective for bioinformatics programming.
Bioinformatics Programming Using Python is perfect for anyone involved with bioinformatics -- researchers, support staff, students, and software developers interested in writing bioinformatics applications. You'll find it useful whether you already use Python, write code in another language, or have no programming experience at all. It's an excellent self-instruction tool, as well as a handy reference when facing the challenges of real-life programming tasks.
- Become familiar with Python's fundamentals, including ways to develop simple applications
- Learn how to use Python modules for pattern matching, structured text processing, online data retrieval, and database access
- Discover generalized patterns that cover a large proportion of how Python code is used in bioinformatics
- Learn how to apply the principles and techniques of object-oriented programming
- Benefit from the "tips and traps" section in each chapter
Wybrane bestsellery
-
Oto uzupełnione i zaktualizowane wydanie bestsellerowego przewodnika dla inżynierów sieci. Dzięki niemu przejdziesz trudną (ale ekscytującą!) drogę od tradycyjnej platformy do platformy sieciowej opartej na najlepszych praktykach programistycznych. Zaczniesz od zagadnień podstawowych, aby następn...
Zaawansowana inżynieria sieci w Pythonie. Automatyzacja, monitorowanie i zarządzanie chmurą. Wydanie IV Zaawansowana inżynieria sieci w Pythonie. Automatyzacja, monitorowanie i zarządzanie chmurą. Wydanie IV
(83.85 zł najniższa cena z 30 dni)77.40 zł
129.00 zł(-40%) -
Oto drugie, zaktualizowane i uzupełnione wydanie przewodnika po bibliotece Pandas. Dzięki tej przystępnej książce nauczysz się w pełni korzystać z możliwości oferowanych przez bibliotekę, nawet jeśli dopiero zaczynasz przygodę z analizą danych w Pythonie. Naukę rozpoczniesz z użyciem rzeczywisteg...
Jak analizować dane z biblioteką Pandas. Praktyczne wprowadzenie. Wydanie II Jak analizować dane z biblioteką Pandas. Praktyczne wprowadzenie. Wydanie II
(70.85 zł najniższa cena z 30 dni)65.40 zł
109.00 zł(-40%) -
Zanurz się w fascynujący świat programowania w języku Python i osiągnij imponujący poziom umiejętności w zaledwie 24 godziny! Oto kilka zalet, które sprawiają, że ta książka jest niezbędna dla każdego aspirującego programisty: Szybki start: podstawy Pythona już w pierwszych godzinach nauki ...
Python w 1 dzień. Nauka programowania w Pythonie w 24 godziny od A do Z Python w 1 dzień. Nauka programowania w Pythonie w 24 godziny od A do Z
-
To książka przeznaczona dla osób, które pracują ze zbiorami danych. Jest praktycznym przewodnikiem po koncepcjach algebry liniowej, pomyślanym tak, by ułatwić ich zrozumienie i zastosowanie w użytecznych obliczeniach. Poszczególne zagadnienia przedstawiono za pomocą kodu Pythona, wraz z przykłada...
Praktyczna algebra liniowa dla analityków danych. Od podstawowych koncepcji do użytecznych aplikacji w Pythonie Praktyczna algebra liniowa dla analityków danych. Od podstawowych koncepcji do użytecznych aplikacji w Pythonie
(50.05 zł najniższa cena z 30 dni)46.20 zł
77.00 zł(-40%) -
To trzecie, zaktualizowane i uzupełnione wydanie bestsellerowego podręcznika programowania w Pythonie. Naukę rozpoczniesz od podstawowych koncepcji programowania. Poznasz takie pojęcia jak zmienne, listy, klasy i pętle, a następnie utrwalisz je dzięki praktycznym ćwiczeniom. Dowiesz się, jak zape...(77.35 zł najniższa cena z 30 dni)
71.40 zł
119.00 zł(-40%) -
Dzięki temu praktycznemu podręcznikowi zrozumiesz, kiedy i dlaczego warto zastosować myślenie funkcyjne, a także jak korzystać z technik funkcyjnych w różnych scenariuszach. Dowiesz się również, jakie narzędzia i biblioteki przeznaczone do tego celu są dostępne w Pythonie i jak używać wyrażeń gen...
Programowanie funkcyjne w Pythonie. Jak pisać zwięzły, wydajny i ekspresywny kod. Wydanie III Programowanie funkcyjne w Pythonie. Jak pisać zwięzły, wydajny i ekspresywny kod. Wydanie III
(57.85 zł najniższa cena z 30 dni)53.40 zł
89.00 zł(-40%) -
To kompleksowy podręcznik do nauki programowania w Pythonie. Jego piąte wydanie zostało gruntownie zaktualizowane i rozbudowane o dodatkowe treści. Omówiono tu najnowsze wersje Pythona w liniach 3.X i 2.X, czyli 3.3 i 2.7, i dodano opisy nowych lub rozszerzonych mechanizmów, takich jak obsługa fo...(129.35 zł najniższa cena z 30 dni)
119.40 zł
199.00 zł(-40%) -
Nie musisz dłużej czekać na włączenie Pythona jako języka skryptowego Excela - ta książka wyjaśnia, jak je połączyć i wyciągnąć z tej integracji maksimum korzyści. To wydanie przeznaczone dla zaawansowanych użytkowników Excela, którzy nie posiadają głębokiej wiedzy o Pythonie. Pokazuje, w jaki sp...
Python i Excel. Nowoczesne środowisko do automatyzacji i analizy danych Python i Excel. Nowoczesne środowisko do automatyzacji i analizy danych
(44.85 zł najniższa cena z 30 dni)41.40 zł
69.00 zł(-40%) -
Metody statystyczne są kluczowym elementem data science, mimo to niewielu specjalistów data science posiada formalne wykształcenie statystyczne. Kursy i podręczniki o podstawach statystyki, rzadko kiedy omawiają temat z perspektywy data science. W drugim wydaniu tego popularnego podręcznika zosta...
Statystyka praktyczna w data science. 50 kluczowych zagadnień w językach R i Python. Wydanie II Statystyka praktyczna w data science. 50 kluczowych zagadnień w językach R i Python. Wydanie II
(44.85 zł najniższa cena z 30 dni)41.40 zł
69.00 zł(-40%) -
Frameworki bardzo ułatwiają życie programistom. Pozwalają na szybkie tworzenie nawet rozbudowanych aplikacji, ale praca z frameworkiem najczęściej oznacza duże ograniczenia w doborze technologii. Wszystko jest w porządku, dopóki deweloper stosuje dokładnie te rozwiązania, które zaplanowali twórcy...
Flask. Tworzenie aplikacji internetowych w Pythonie. Wydanie II Flask. Tworzenie aplikacji internetowych w Pythonie. Wydanie II
(44.85 zł najniższa cena z 30 dni)41.40 zł
69.00 zł(-40%)
Ebooka "Bioinformatics Programming Using Python. Practical Programming for Biological Data" przeczytasz na:
-
czytnikach Inkbook, Kindle, Pocketbook, Onyx Boox i innych
-
systemach Windows, MacOS i innych
-
systemach Windows, Android, iOS, HarmonyOS
-
na dowolnych urządzeniach i aplikacjach obsługujących formaty: PDF, EPub, Mobi
Masz pytania? Zajrzyj do zakładki Pomoc »
Audiobooka "Bioinformatics Programming Using Python. Practical Programming for Biological Data" posłuchasz:
-
w aplikacji Ebookpoint na Android, iOS, HarmonyOs
-
na systemach Windows, MacOS i innych
-
na dowolnych urządzeniach i aplikacjach obsługujących format MP3 (pliki spakowane w ZIP)
Masz pytania? Zajrzyj do zakładki Pomoc »
Kurs Video "Bioinformatics Programming Using Python. Practical Programming for Biological Data" zobaczysz:
-
w aplikacjach Ebookpoint i Videopoint na Android, iOS, HarmonyOs
-
na systemach Windows, MacOS i innych z dostępem do najnowszej wersji Twojej przeglądarki internetowej
Szczegóły ebooka
- ISBN Ebooka:
- 978-14-493-8290-2, 9781449382902
- Data wydania ebooka:
- 2009-12-08 Data wydania ebooka często jest dniem wprowadzenia tytułu do sprzedaży i może nie być równoznaczna z datą wydania książki papierowej. Dodatkowe informacje możesz znaleźć w darmowym fragmencie. Jeśli masz wątpliwości skontaktuj się z nami sklep@ebookpoint.pl.
- Język publikacji:
- angielski
- Rozmiar pliku ePub:
- 3.1MB
- Rozmiar pliku Mobi:
- 8.4MB
Spis treści ebooka
- Bioinformatics Programming Using Python
- SPECIAL OFFER: Upgrade this ebook with OReilly
- A Note Regarding Supplemental Files
- Preface
- Introduction
- About This Book
- About Bioinformatics
- About the Reader
- Introduction
- Python
- Some Context
- The Python Language
- Installing Python
- Running Python
- Notes
- Reading and Reference Recommendations
- Example Code
- Unfortunate and Unavoidable Vocabulary Overlap
- Comments
- Conventions Used in This Book
- Wed Like to Hear from You
- Using Code Examples
- Safari Books Online
- Acknowledgments
- 1. Primitives
- Simple Values
- Booleans
- Integers
- Floats
- Strings
- Simple Values
- Expressions
- Numeric Operators
- Logical Operations
- String Operations
- String operators
- Subscription
- Slicing
- Calls
- Function calls
- Method calls
- Compound Expressions
- Tips, Traps, and Tracebacks
- Tips
- Statements and expressions
- Running Python interactively
- Tips
- Traps
- Tracebacks
- 2. Names, Functions, and Modules
- Assigning Names
- Defining Functions
- Function Parameters
- Comments and Documentation
- Assertions
- Default Parameter Values
- Using Modules
- Importing
- Module namespaces
- The random module
- Importing
- Python Files
- Tips, Traps, and Tracebacks
- Tips
- Names
- Function definitions
- Executing code
- Using IDLE
- Managing Python files
- Tips
- Traps
- Tracebacks
- 3. Collections
- Sets
- Sequences
- Strings, Bytes, and Bytearrays
- Creating
- Testing
- Searching
- Replacing
- Changing case
- Reformatting
- The format method and function
- Strings, Bytes, and Bytearrays
- Ranges
- Tuples
- Tuple syntax
- Tuple packing and unpacking
- Lists
- Statements that modify lists
- List modification methods
- Sequence-oriented string methods
- Mappings
- Dictionaries
- Dictionary example: RNA codon translation table
- Dictionary operations
- Dictionary methods
- Dictionaries
- Streams
- Files
- Creating file objects
- File methods
- Example
- Files
- Generators
- Collection-Related Expression Features
- Comprehensions
- List comprehensions
- Set and dictionary comprehensions
- Generator expressions
- Conditional comprehensions
- Nested comprehensions
- Comprehensions
- Functional Parameters
- The parameter key
- Function objects
- Anonymous functions
- Tips, Traps, and Tracebacks
- Tips
- Language features
- Developing and testing code
- Tips
- Traps
- Tracebacks
- 4. Control Statements
- Conditionals
- Loops
- Simple Loop Examples
- Initialization of Loop Values
- Looping Forever
- Loops with Guard Conditions
- Iterations
- Iteration Statements
- Kinds of Iterations
- Do
- Collect
- Combine
- Search
- Filter
- Nested iterations
- Recursive iterations
- Exception Handlers
- Python Errors
- Tracebacks
- Runtime errors
- Python Errors
- Exception Handling Statements
- Optional features of exception handling statements
- Exception handling and generator objects
- Raising Exceptions
- The raise statement
- Raising an exception to end a loop
- Extended Examples
- Extracting Information from an HTML File
- The Grand Unified Bioinformatics File Parser
- Reading the sequences in a FASTA file
- Generalized parsing
- Parsing GenBank Files
- Translating RNA Sequences
- Step 1
- Step 2
- Step 3
- Step 4
- Step 5
- Constructing a Table from a Text File
- Step 1
- Step 2
- Step 3
- Step 4
- Step 5
- Tips, Traps, and Tracebacks
- Tips
- Traps
- Tracebacks
- 5. Classes
- Defining Classes
- Instance Attributes
- Access methods
- Predicate methods
- Initialization methods
- String methods
- Modification methods
- Action methods
- Support methods
- Summary
- Instance Attributes
- Class Attributes
- Class fields
- Class methods
- Classes as objects
- Defining Classes
- Class and Method Relationships
- Decomposition
- Class decomposition
- Method decomposition
- Singleton classes
- Decomposition
- Inheritance
- Defining subclasses
- Factoring out common code
- Generalization
- Subclass methods
- Tips, Traps, and Tracebacks
- Tips
- Traps
- Tracebacks
- 6. Utilities
- System Environment
- Dates and Times: datetime
- Classes
- Instance creation
- Operations
- Methods
- Dates and Times: datetime
- System Information
- The Python runtime environment: sys
- The system clock: time
- System Environment
- Command-Line Utilities
- Reading multiple files: fileinput
- Command-line options: optparse
- Command-line commands: subprocess
- Communications
- Sending email: smtplib
- Logging: logging
- The Filesystem
- Operating System Interface: os
- Environment access
- Managing files and directories
- Directories
- Files
- Directory contents
- Temporary files: tempfile
- Operating System Interface: os
- Manipulating Paths: os.path
- Path components
- Path manipulations
- Path information
- Filename Expansion: fnmatch and glob
- fnmatch
- glob
- Shell Utilities: shutil
- Comparing Files and Directories
- File and directory comparison: filecmp
- Showing the differences between two files: difflib
- Working with Text
- Formatting Blocks of Text: textwrap
- String Utilities: string
- Comma- and Tab-Separated Formats: csv
- String-Based Reading and Writing: io
- Persistent Storage
- Persistent Text: dbm
- Persistent Objects: pickle
- Keyed Persistent Object Storage: shelve
- Debugging Tools
- The Python debugger: pdb
- The IDLE debugger
- Tips, Traps, and Tracebacks
- Tips
- Traps
- Tracebacks
- 7. Pattern Matching
- Fundamental Syntax
- Fixed-Length Matching
- Literal matches
- Character sets
- Character classes
- Boundaries
- Fixed-Length Matching
- Variable-Length Matching
- Repetition
- Fundamental Syntax
- Greedy Versus Nongreedy Matching
- Grouping and Disjunction
- The Actions of the re Module
- Functions
- Flags
- Methods
- Results of re Functions and Methods
- Match Object Fields
- Match Object Methods
- Putting It All Together: Examples
- Some Quick Examples
- Using regular expressions to ignore case
- Listing files in a directory, excluding some
- Finding open reading frames
- Some Quick Examples
- Extracting Descriptions from Sequence Files
- Extracting Entries From Sequence Files
- Using regular expressions to extract entries
- Keeping track of the position between calls
- Buffering input
- Tips, Traps, and Tracebacks
- Tips
- Traps
- Tracebacks
- 8. Structured Text
- HTML
- Simple HTML Processing
- Searching HTML text
- More elaborate HTML pattern matching
- Turning HTML into plain text
- Simple HTML Processing
- Structured HTML Processing
- Problems with HTML pattern matching
- Structured HTML parsing: html.parser
- HTML
- XML
- The Nature of XML
- An XML File for a Complete Genome
- The ElementTree Module
- Getting started with ElementTree
- Navigating around an ElementTree
- Event-Based Processing
- Function calls, exceptions, and the call stack
- Callbacks: Reversed function calls
- Programming for an event-based processor
- expat
- Obtaining a single piece of information
- Extracting a few pieces of data
- Getting the content of all tags with a specified name
- Tips, Traps, and Tracebacks
- Tips
- Traps
- Tracebacks
- 9. Web Programming
- Manipulating URLs: urllib.parse
- Disassembling URLs
- Assembling URLs
- Manipulating URLs: urllib.parse
- Opening Web Pages: webbrowser
- Module Functions
- Constructing and Submitting Queries
- Constructing and Viewing an HTML Page
- Web Clients
- Making the URLs in a Response Absolute
- Constructing an HTML Page of Extracted Links
- Downloading a Web Pages Linked Files
- Web Servers
- Sockets and Servers
- Server fundamentals
- Running a server: The http.server module
- Sockets and Servers
- CGI
- Serving CGI requests
- Setting up CGI
- CGI script arguments and responses
- Simple Web Applications
- Using CGI scripts
- HTML forms with CGI scripts
- Tips, Traps, and Tracebacks
- Tips
- Web pages
- Debugging CGI scripts
- HTTP servers
- Tips
- Traps
- Tracebacks
- 10. Relational Databases
- Representation in Relational Databases
- Database Tables
- Avoiding duplication of values
- Representation of relationships
- Database definition
- Database Tables
- A Restriction Enzyme Database
- The data
- Reading the data
- A schema for the Rebase database
- Representation in Relational Databases
- Using Relational Data
- SQL Basics
- Using the sqlite3 module
- Connecting to the database
- Creating the database
- Loading data into tables
- SQL Basics
- SQL Queries
- Simple database queries
- Qualified database queries
- Relationship queries
- Querying the Database from a Web Page
- HTML frames
- An HTML page of query forms
- Tips, Traps, and Tracebacks
- Tips
- Traps
- Tracebacks
- 11. Structured Graphics
- Introduction to Graphics Programming
- Concepts
- Coordinate system
- Components
- Properties
- Concepts
- GUI Toolkits
- GUI toolkits for Python
- Using a GUI toolkit
- Introduction to Graphics Programming
- Structured Graphics with tkinter
- tkinter Fundamentals
- The basic steps
- Common widget options
- Canvas drawing methods
- Writing the contents of a canvas to a PostScript file
- tkinter Fundamentals
- Examples
- An abstract class for tkinter graphics
- Dot plots
- Histograms
- Structured Graphics with SVG
- SVG File Contents
- SVG tags
- SVG styles
- SVG File Contents
- Examples
- Histograms of codon use
- Sequencing trace file curves using SVG
- Tips, Traps, and Tracebacks
- Tips
- Traps
- SVG traps
- Tracebacks
- A. Python Language Summary
- Language Components
- Special Syntactic Elements
- Keywords
- Special Names
- Operators
- Anonymous Functions
- Language Components
- Types and Expressions
- Statements
- Notes
- B. Collection Type Summary
- Types and General Operations
- Common Operations
- Creating Collections
- Types and General Operations
- Specific Collection Types
- Sets
- Sequences
- Strings
- Lists
- Mappings
- Streams
- File objects
- Generators
- Iteration Templates
- Basic Iteration Templates
- Filtering Templates
- Other Kinds of Templates
- Index
- About the Author
- Colophon
- SPECIAL OFFER: Upgrade this ebook with OReilly
O'Reilly Media - inne książki
-
When it comes to building user interfaces on the web, React enables web developers to unlock a new world of possibilities. This practical book helps you take a deep dive into fundamental concepts of this JavaScript library, including JSX syntax and advanced patterns, the virtual DOM, React reconc...(194.65 zł najniższa cena z 30 dni)
211.65 zł
249.00 zł(-15%) -
This practical book provides a detailed explanation of the zero trust security model. Zero trust is a security paradigm shift that eliminates the concept of traditional perimeter-based security and requires you to "always assume breach" and "never trust but always verify." The updated edition off...(203.15 zł najniższa cena z 30 dni)
211.65 zł
249.00 zł(-15%) -
Decentralized finance (DeFi) is a rapidly growing field in fintech, having grown from $700 million to $100 billion over the past three years alone. But the lack of reliable information makes this area both risky and murky. In this practical book, experienced securities attorney Alexandra Damsker ...(203.15 zł najniższa cena z 30 dni)
211.65 zł
249.00 zł(-15%) -
Whether you're a startup founder trying to disrupt an industry or an entrepreneur trying to provoke change from within, your biggest challenge is creating a product people actually want. Lean Analytics steers you in the right direction.This book shows you how to validate your initial idea, find t...(126.65 zł najniższa cena z 30 dni)
126.65 zł
149.00 zł(-15%) -
If programming is magic, then web scraping is surely a form of wizardry. By writing a simple automated program, you can query web servers, request data, and parse it to extract the information you need. This thoroughly updated third edition not only introduces you to web scraping but also serves ...(203.15 zł najniższa cena z 30 dni)
211.65 zł
249.00 zł(-15%) -
Do you wish the existing books on site reliability engineering started at the beginning? Do you wish someone would walk you through how to become an SRE, how to think like an SRE, or how to build and grow a successful SRE function in your organization? Becoming SRE addresses all of these needs a...
Becoming SRE. First Steps Toward Reliability for You and Your Organization Becoming SRE. First Steps Toward Reliability for You and Your Organization
(135.15 zł najniższa cena z 30 dni)143.65 zł
169.00 zł(-15%) -
Data fabric, data lakehouse, and data mesh have recently appeared as viable alternatives to the modern data warehouse. These new architectures have solid benefits, but they're also surrounded by a lot of hyperbole and confusion. This practical book provides a guided tour of these architectures to...(237.15 zł najniższa cena z 30 dni)
245.65 zł
289.00 zł(-15%) -
As an engineering manager, you almost always have someone in your company to turn to for advice: a peer on another team, your manager, or even the head of engineering. But who do you turn to if you're the head of engineering? Engineering executives have a challenging learning curve, and many folk...(126.65 zł najniższa cena z 30 dni)
126.65 zł
149.00 zł(-15%) -
Trillions of lines of code help us in our lives, companies, and organizations. But just a single software cybersecurity vulnerability can stop entire companies from doing business and cause billions of dollars in revenue loss and business recovery. Securing the creation and deployment of software...(169.14 zł najniższa cena z 30 dni)
177.65 zł
209.00 zł(-15%) -
Entity resolution is a key analytic technique that enables you to identify multiple data records that refer to the same real-world entity. With this hands-on guide, product managers, data analysts, and data scientists will learn how to add value to data by cleansing, analyzing, and resolving data...(203.15 zł najniższa cena z 30 dni)
211.65 zł
249.00 zł(-15%)
Dzieki opcji "Druk na żądanie" do sprzedaży wracają tytuły Grupy Helion, które cieszyły sie dużym zainteresowaniem, a których nakład został wyprzedany.
Dla naszych Czytelników wydrukowaliśmy dodatkową pulę egzemplarzy w technice druku cyfrowego.
Co powinieneś wiedzieć o usłudze "Druk na żądanie":
- usługa obejmuje tylko widoczną poniżej listę tytułów, którą na bieżąco aktualizujemy;
- cena książki może być wyższa od początkowej ceny detalicznej, co jest spowodowane kosztami druku cyfrowego (wyższymi niż koszty tradycyjnego druku offsetowego). Obowiązująca cena jest zawsze podawana na stronie WWW książki;
- zawartość książki wraz z dodatkami (płyta CD, DVD) odpowiada jej pierwotnemu wydaniu i jest w pełni komplementarna;
- usługa nie obejmuje książek w kolorze.
Masz pytanie o konkretny tytuł? Napisz do nas: sklep[at]helion.pl.
Książka, którą chcesz zamówić pochodzi z końcówki nakładu. Oznacza to, że mogą się pojawić drobne defekty (otarcia, rysy, zagięcia).
Co powinieneś wiedzieć o usłudze "Końcówka nakładu":
- usługa obejmuje tylko książki oznaczone tagiem "Końcówka nakładu";
- wady o których mowa powyżej nie podlegają reklamacji;
Masz pytanie o konkretny tytuł? Napisz do nas: sklep[at]helion.pl.
Książka drukowana
Oceny i opinie klientów: Bioinformatics Programming Using Python. Practical Programming for Biological Data Mitchell L Model (0) Weryfikacja opinii następuję na podstawie historii zamówień na koncie Użytkownika umieszczającego opinię. Użytkownik mógł otrzymać punkty za opublikowanie opinii uprawniające do uzyskania rabatu w ramach Programu Punktowego.