POLECAMY
Koszyk
Podstawy chemoinformatyki leków. Wydanie drugie rozszerzone
Autor:
Wydawca:
Format:
pdf, ibuk
Na polskim rynku księgarskim dostępnych jest szereg podręczników poświęconych chemii leków oraz projektowaniu leków, brakuje natomiast podręcznika poświęconego chemoinformatyce. W zamyśle autorów niniejszy skrypt ma za zadanie wypełnić tę lukę. Ponieważ od swych źródeł chemoinformatyka łączy się z projektowaniem molekularnym, wyeksponowaliśmy w szczególności problemy chemoinformatyki leków. Odpowiada to profilowi nowych specjalności, chemii leków oraz chemii informatycznej, uruchomionych w Instytucie Chemii Uniwersytetu Śląskiego. Podręcznik przeznaczony jest dla studentów chemii i farmacji, którzy interesują się wykorzystaniem komputera jako narzędzia wspomagającego badania oraz dydaktykę tych przedmiotów.
| Rok wydania | 2018 |
|---|---|
| Liczba stron | 288 |
| Kategoria | Inne |
| Wydawca | Uniwersytet Śląski |
| ISBN-13 | 978-83-8012-897-2 |
| Numer wydania | 2 |
| Język publikacji | polski |
| Informacja o sprzedawcy | ePWN sp. z o.o. |
Ciekawe propozycje
Spis treści
| Spis treści | |
| Przedmowa do wydania drugiego / | 9 |
| 1. Wstęp / | 11 |
| 2. Przedmiot chemii i chemoinformatyki / | 13 |
| 3. Komputer jako narzędzie pracy chemika – problemy wprowadzania danych / | 21 |
| 3.1. Kodowanie cząsteczek w chemoinformatyce / | 26 |
| 3.2. Grafy cząsteczek chemicznych / | 26 |
| 3.3. Notacja liniowa / | 28 |
| 3.3.1. Kody SMILES / | 30 |
| 3.3.1.1. SMILES – język kodowania grafów molekularnych / | 30 |
| 3.3.1.2. Gramatyka języka SMILES / | 31 |
| 3.3.2. Inne systemy notacji liniowej / | 41 |
| 3.4. Macierzowe systemy kodowania konstytucji cząsteczki / | 42 |
| 3.5. Edytory molekularne / | 50 |
| 3.6. Standardy wymiany informacji strukturalnej / | 60 |
| 3.7. Nomenklatura chemiczna / | 68 |
| 3.8. Związek chemiczny – in vitro oraz in silico / | 72 |
| 3.9. Ontologia chemiczna – formalna definicja związku chemicznego / | 73 |
| 3.10. Właściwości związków chemicznych i ich pomiary / | 76 |
| 3.11. Chemiczne bazy danych / | 78 |
| 3.11.1. Organizacja bazy danych / | 78 |
| 3.11.2. Typy baz danych / | 80 |
| 3.11.3. Strukturalne bazy danych ligandów / | 83 |
| 3.11.4. Strukturalne bazy danych makromolekuł / | 86 |
| 3.11.5. Bazy literaturowe / | 90 |
| 4. Chemia in silico – problemy przetwarzania danych / | 93 |
| 4.1. Deskryptory molekularne / | 93 |
| 4.1.1. Kodujące deskryptory konstytucyjne / | 95 |
| 4.1.2. Deskryptory daktyloskopowe cząsteczki / | 95 |
| 4.1.3. Deskryptory obliczane na podstawie atomowej reprezentacji cząsteczki / | 95 |
| 4.1.4. Deskryptory obliczane na podstawie fragmentów molekularnych / | 96 |
| 4.1.5. Deskryptory topologiczne / | 96 |
| 4.1.6. Proste deskryptory geometryczne / | 97 |
| 4.1.7. Złożone deskryptory geometryczne / | 97 |
| 4.1.7.1. Deskryptory pola oddziaływań cząsteczkowych / | 97 |
| 4.1.7.2. Deskryptory profilu konformacyjnego / | 98 |
| 4.1.7.3. Deskryptory wirtualnego miejsca receptorowego / | 98 |
| 4.1.7.4. Deskryptory receptorowe / | 100 |
| 4.1.8. Deskryptory złożonych systemów cząsteczkowych ligand – receptor / | 100 |
| 4.1.9. Deskryptory skorelowane z właściwościami / | 100 |
| 4.1.9.1. Korelaty właściwości globalnych / | 100 |
| 4.1.9.2. Korelaty fragmentów molekularnych – stałe Hammetta / | 101 |
| 4.1.9.3. Prognozowanie właściwości związków chemicznych / | 104 |
| 4.2. Modelowanie struktur 3D / | 107 |
| 4.2.1. Generatory struktur 2D / | 110 |
| 4.2.2. Generatory struktur 3D / | 110 |
| 4.2.2.1. Semiempiryczne metody chemii kwantowej / | 116 |
| 4.2.2.2. Mechanika molekularna / | 117 |
| 4.2.2.3. Dynamika molekularna / | 125 |
| 4.2.2.4. Techniki generowania konformerów / | 133 |
| 4.2.3. Pakiety do modelowania molekularnego / | 134 |
| 4.3. Podobieństwo strukturalne cząsteczek / | 139 |
| 4.4. Synteza i retrosynteza / | 152 |
| 4.4.1. Synteza organiczna – odwzorowanie reagentów w produkty / | 154 |
| 4.4.2. Projektowanie syntezy organicznej – odwzorowanie produktów w reagenty / | 155 |
| 4.4.3. Retroreakcje – nomenklatura syntonów / | 160 |
| 4.4.4. Operacje na syntonach / | 160 |
| 4.4.4.1. Przekształcenie syntonu w reagent / | 160 |
| 4.4.4.2. Modyfikacje syntonów / | 162 |
| 4.4.4.3. Odwrócenie reaktywności / | 163 |
| 4.4.5. Komputerowo wspomagane projektowanie syntezy (CASD) / | 164 |
| 4.5. Eksploracja baz danych / | 166 |
| 4.6. Chemometria – analizy złożonych danych chemicznych / | 169 |
| 4.6.1. Wybrane metody analizy struktury danych / | 170 |
| 4.6.2. Podstawowe pojęcia chemometrii / | 171 |
| 4.6.3. Zmienne i ich korelacje / | 171 |
| 4.6.4. Wstępna transformacja danych / | 173 |
| 4.6.5. Eksploracja danych / | 175 |
| 4.6.6. Jednoczynnikowa analiza wariancji / | 175 |
| 4.6.7. Wieloczynnikowa analiza wariancji / | 178 |
| 4.6.8. Algorytmy genetyczne / | 180 |
| 4.6.9. Wybrane techniki projekcji i wizualizacji wielu zmiennych / | 183 |
| 4.6.10. Analiza czynników głównych / | 183 |
| 4.6.11. Sieci neuronowe / | 185 |
| 4.6.12. Analiza regresji / | 198 |
| 4.6.13. Metoda najmniejszych kwadratów / | 201 |
| 4.6.14. Analiza regresji czynników głównych / | 205 |
| 4.6.15. Metoda częściowych najmniejszych kwadratów / | 205 |
| 4.6.16. Walidacja krzyżowa / | 207 |
| 4.7. Komputerowe wspomaganie projektowania molekularnego / | 212 |
| 4.8. Synteza ukierunkowana na właściwości / | 214 |
| 4.8.1. Intuicja i szczęśliwy traf w poszukiwaniach i odkryciach nowych leków / | 215 |
| 4.8.2. Schematy racjonalne w poszukiwaniu nowych leków – badanie zależności między budową a działaniem związków / | 215 |
| 4.8.3. Badania przesiewowe metodami chemii kombinatorycznej / | 223 |
| 4.8.4. Projektowanie molekularne in silico / | 224 |
| 4.8.5. Projektowanie leków, kiedy dostępne są dane strukturalne receptora / | 224 |
| 4.8.6. Dokowanie molekularne / | 227 |
| 4.8.7. Projektowanie oparte na szeregu aktywnych ligandów / | 233 |
| 4.8.8. Ilościowe modele zależności struktura – aktywność QSAR / | 235 |
| 4.8.8.1. Modele 0D QSAR / | 236 |
| 4.8.8.2. Modele 1D QSAR / | 237 |
| 4.8.8.3. Modele 2D QSAR / | 237 |
| 4.8.8.4. Modele 3D QSAR / | 239 |
| 4.8.8.5. Modele 4D QSAR / | 243 |
| 4.8.8.6. Modele 5D QSAR / | 244 |
| 4.8.8.7. Modele 6D QSAR / | 245 |
| 4.8.8.8. Modele RI-QSAR z wirtualnym receptorem modelowanym danymi innymi niż szereg jego aktywnych ligandów / | 245 |
| 4.8.8.9. Modele RD QSAR z rzeczywistymi danymi receptorowymi / | 246 |
| 4.8.9. Lekotypy / | 247 |
| 5. Internetowe zasoby i nowe technologie chemoinformatyczne on-line / | 249 |
| Literatura dodatkowa / | 255 |
| Dodatek / | 257 |
KUP NA PREZENT
Podstawy chemoinformatyki leków. Wydanie drugie rozszerzone
23,94 zł
Uzupełnij informacje na temat odbiorcy.
Produkt został pomyślnie dodany do koszyka.
Nieudana próba zakupu produktu. Spróbuj jeszcze raz.
Wypożyczaj w abonamencie!
Już od 2,66 zł za ebooka
