Jednostki sektora finansów publicznych stosują klasyfikację budżetową w planowaniu, rachunkowości i sprawozdawczości. W przypadku większości objaśnień zamieszczonych w rozporządzeniu o klasyfikacji budżetowej przy poszczególnych podziałkach użyte jest sformułowanie „w szczególności”, co oznacza, że katalog wskazany przez Ministra Finansów jest otwarty, a zatem w praktyce ciągle występuje wiele rozbieżności. Ministerstwo Finansów w wielu swoich wyjaśnieniach podkreśla, że wyboru odpowiedniego sposobu klasyfikowania wydatku dokonać musi kierownik jednostki sektora (główny księgowy jednostki) zgodnie z istniejącym stanem faktycznym i stosownie do postanowień umowy zawartej z określonym podmiotem.